Biyolojik dokulardaki Gen Ekspresyonu (genlerin aktif veya pasif olduğu bölgelerin) üç boyutlu (3D) dağılımını anlamak, gen işlevlerini keşfetmek için kritik öneme sahiptir. Ancak, bu tür verilerin işlenmesi genellikle ileri düzey programlama bilgisi gerektirir ve bu da birçok araştırmacı için önemli bir engel oluşturur.
Japonya’da yapılan yeni bir araştırma, tomoseqr adlı kullanıcı dostu bir yazılım geliştirerek bu süreci önemli ölçüde kolaylaştırdı. Tomoseqr, 3D gen ekspresyon haritalarının oluşturulmasını ve görselleştirilmesini sağlayarak, biyoloji ve genetik alanındaki bilim insanlarına güçlü bir analiz aracı sunuyor.
RNA Tomografisi ile 3D Gen Haritaları
3D gen ekspresyonunu tahmin etmek için kullanılan yöntemlerden biri RNA tomografisidir. Bu yöntemde, biyolojik dokular üç farklı eksende dondurularak kesitlere ayrılır ve her bir kesit üzerinde RNA dizileme (gen ekspresyon analizi) gerçekleştirilir. Ardından, bu veriler üst üste bindirilerek bir 3D gen ekspresyonu haritası oluşturulur. Ancak, bu tür verileri işlemek için ileri düzey kodlama bilgisi gerekmesi, pek çok araştırmacı için ciddi bir engel teşkil eder.
Tomoseqr, gelişmiş programlama bilgisine gerek kalmadan araştırmacıların RNA tomografisi verilerini kullanarak 3D gen ekspresyonu haritaları oluşturmasına olanak tanıyor. Kullanıcı dostu grafik arayüzü sayesinde, doku morfolojisi verileri kolayca girilebiliyor ve 3D gen modelleri görselleştirilebiliyor.
Tomoseqr ile Doğrulanan Gen Ekspresyonu Modelleri
Araştırmacılar, tomoseqr’ün doğruluğunu test etmek için yazılımı zebra balığı (zebrafish) gen ekspresyon verilerine uyguladı. Sonuçlar, daha önce bilinen gen ekspresyon desenleriyle uyumluydu ve yazılımın doğruluğunu doğruladı.
Daha sonra, planaryalar (yenilenme yetenekleriyle bilinen model organizmalar) üzerinde yaklaşık 18.000 genin 3D gen ekspresyonu haritası çıkarıldı. Bu veri odaklı yaklaşım, doku rejenerasyonu gibi biyolojik süreçlerde kritik roller oynayabilecek genleri belirlemeye yardımcı oldu.
Biyoinformatik Dünyasında Yeni Bir Araç
Tomoseqr, dünya çapında biyoinformatik yazılımlarının toplandığı Bioconductor platformuna kabul edilerek gen ekspresyon analizinde yeni bir standart olma potansiyeli taşıyor. Yazılımın ücretsiz olarak erişilebilir olması, farklı alanlardaki araştırmacılar için geniş bir kullanım imkanı sağlıyor.
Bu güçlü analiz aracı, gelişim biyolojisi, hastalık araştırmaları ve rejeneratif tıp gibi alanlarda önemli ilerlemelere yol açabilir. Bilim insanları, tomoseqr’ü kullanarak yeni gen işlevleri keşfedebilir ve biyolojik süreçleri daha derinlemesine anlayabilirler.
Bu çalışma, Japonya Bilimi Destekleme Derneği (JSPS) ve Japonya Bilim ve Teknoloji Ajansı (JST-Mirai) tarafından finanse edilmiştir. Çalışmanın kayanağına buradan ulaşabilirsiniz. Yine daha fazla bilgiye buradan ulaşabilirsiniz.
Gündemi Daha Güncel Takip Edebilmek İçin Biosscope.